Andrea Marcon studierte an der Schola Cantorum Basiliensis u. a. bei Jean-Claude Zehnder, Hans Martin Linde und Jordi Savall sowie bei Luigi Fernando Tagliavini, Hans Van Nieuwkoop, Jesper Christensen, Harald Vogel und Ton Koopman und gewann verschiedene renommierte Orgelwettbewerbe. Heute ist der aus Treviso stammende Organist international anerkannt als führender Interpret für Musik der Klassik und Frühromantik. Er vermittelt sein Wissen an Studierende an Konservatorien und Universitäten in aller Welt und ist Professor für Cembalo, Orgel und Interpretation an der Schola Cantorum Basiliensis.
Seit 2009 leitet Andrea Marcon das La Cetra Barockorchester & Vokalensemble Basel. Tatsächlich begann seine Partnerschaft mit La Cetra bereits 1999 mit dem allerersten Konzert des Ensembles. Seither führt er es von Höhepunkt zu Höhepunkt mit hochgelobten Inszenierungen von Opern und Ballettaufführungen am Theater Basel sowie im Rahmen von internationalen Konzerttourneen mit Solistinnen wie Magdalena Kožená oder Patricia Petibon.
Als Gastdirigent arbeitet Andrea Marcon regelmäßig in der Neuen Oper Frankfurt und beim Festival d‘Aix-en-Provence. Einladungen erreichen ihn von den Berliner Philharmonikern, den Rundfunkorchestern des BR, WDR, HR, NDR und RSB, dem Orchestre Philharmonique de Monte Carlo, dem Danish National Orchestra, dem Mozarteum Orchester Salzburg, dem Luzern Sinfonie Orchester, den Münchner Philharmonikern, den Bamberger Symphonikern, der Camerata Salzburg und dem Mahler Chamber Orchestra.
Zu seinen gefeierten Aufführungen zählen Marcellos »Il trionfo della Musica e della Poesia«, zahlreiche Werke von Vivaldi und Händel, Cavallis »Calisto und Giasone, von Monteverdis u. a. der »Orfeo« sowie Bachs Kantaten und die h-Moll-Messe. Sein Repertoire umfasst auch Haydn-, Mozart-, Beethoven- und Schubert-Sinfonien, frühe Rossini-Opern und Sinfonien von Brahms und Mahler.
Über 75 oft preisgekrönte Aufnahmen als Dirigent, Cembalist und Organist dokumentieren das reiche Repertoire, mit dem er sich bis heute beschäftigt. Für seine Aufnahmen als Organist und Cembalist wurde er viermal mit dem Preis der Deutschen Schallplatten Kritik ausgezeichnet. Auch seine Aufnahmen als Dirigent wurden mehrfach ausgezeichnet, u. a. mit dem Diapason d'or, Choc du Monde de la Musique, dem Vivaldi-Preis der Cini-Stiftung, dem ECHO Klassik, dem Edison Prize, dem International Classical Music Award und zwei Grammy-Nominierungen. 2021 durfte sich Andrea Marcon über die Verleihung des Händel-Preises freuen, der im Rahmen der Händel-Festspiele in Halle vergeben wird.